Ao abrir a pagina do arquivo que você quer fazer download, click em "Download to you computer" Igual na imagem abaixo..
Depois que clicar ele começara a fazer o download em uma espécie de buffer na própria pagina do Mega, não feche a janela, espere que ele acabe de fazer o download.
Assim que carregar a barra em 100% o seu download começara imediatamente.
Nota que o tempo que ele demora pra fazer o download na pagina seria como se estivesse baixando um arquivo comum dependendo da sua conexão, e assim que salvar no seu PC e instântaneo o salvamento do arquivo.